Shimadzu FS Finder – Deteksi Cepat Bakteri Salmonella Berbasis Real-Time PCR
Infeksi bakteri Salmonella atau Salmonellosis menjadi salah satu masalah kesehatan di berbagai belahan dunia. Berdasarkan data WHO, diestimasikan ada lebih dari 150 juta orang menderita Salmonellosis pada tahun 2010. Infeksi tersebut sebagian besar disebabkan oleh konsumsi makanan atau air yang terkontaminasi Salmonella, sehingga salah satu langkah pencegahan yang dapat diupayakan adalah deteksi bakteri.
Deteksi memungkinkan terjadinya upaya pencegahan sedini mungkin terhadap risiko kesehatan. Namun, dalam deteksi seringkali ditemui berbagai tantangan, seperti sulitnya mendeteksi cemaran Salmonella dalam kuantitas kecil dan tahapan konfirmasi yang rumit. Oleh karena itu, dibutuhkan metode yang bisa mendeteksi bakteri Salmonella secara cepat dengan sensitivitas dan selektivitas yang lebih tinggi, salah satunya adalah metode PCR.
Real-time PCR (RT-PCR)
Setiap sel bakteri membawa materi genetik berupa gen yang tersusun atas untaian DNA. Dengan metode RT-PCR, keberadaan suatu gen bakteri dapat diketahui melalui amplifikasi atau perbanyakan DNA secara enzimatik. Metode RT-PCR menggunakan indikator (probe) berfluoresensi yang secara spesifik ditargetkan untuk gen tertentu. Metode berbasis DNA ini memiliki selektivitas yang lebih tinggi karena menargetkan asam nukleat sehingga memungkinkan residu bakteri masih dapat terdeteksi.
Shimadzu FS Finder SL Gene Detection Kit
Senyawa selain DNA, seperti glukosa, protein, dan zat organik lainnya, dapat menghambat reaksi enzimatis dalam deteksi RT-PCR, sehingga ekstraksi DNA diperlukan untuk menghilangkan inhibitor tersebut. Berbeda dengan kit PCR lain, Shimadzu FS Finder SL mengaplikasikan teknologi AmpDirect yang memungkinkan terjadinya amplifikasi secara langsung tanpa ekstraksi DNA sehingga deteksi gen InvA pada bakteri Salmonella spp. dapat dilakukan dalam waktu singkat. Kit ini dilengkapi dengan PCR buffer yang dapat menekan aktivitas senyawa inhibitor dan mengoptimalkan reaksi enzimatis dengan waktu yang lebih efisien.
Mengapa menggunakan FS Finder SL?
-
Cepat – Deteksi Salmonella dalam waktu 6 – 30 jam tanpa uji konfirmasi
-
Prosedur mudah dan sederhana – Eliminasi tahapan ekstraksi DNA
-
Akurat – Mampu mendeteksi residu bakteri dalam jumlah kecil
-
Minimalisir kontaminasi – Hasil pengkayaan (enrichment) dapat langsung dianalisis
-
Risiko False Negative kecil – Dilengkapi Internal Control (I.C.) untuk memastikan prosedur yang optimal
Prosedur Analisa Shimadzu FS Finder SL – Salmonella
Langkah 1
Pengkayaan (Enrichment)
Sampel diencerkan dengan pelarut Buffered Peptone Water (BPW)
Langkah 2
Pre-treatment (opsional)
Sampel disentrifugasi dan heat-treatment
Langkah 3
Real-Time PCR
Tambahkan reagent Master Mix dan Enzyme Mix pada sampel, dan analisa dengan RT-PCR.
Langkah 4
Interpretasi hasil
Pembacaan nilai Cq (Cycle quantification)
Berbagai Parameter Shimadzu FS Finder
- FS Finder for Salmonella spp. (Available)
- FS Finder for Vibrio parahaemolyticus (launching Jan. 2025)
- FS Finder for Listeria monocytogenes (launching Mar. 2025)
- FS Finder for STEC (launching June 2025)
- FS Finder for Campylobacter spp. (launching Dec. 2025)
- FS Finder for Listeria spp. (Under development)
Referensi
Ehuwa O, Jaiswal AK, Jaiswal S. Salmonella, Food Safety and Food Handling Practices. Foods. 2021 Apr 21;10(5):907. doi: 10.3390/foods10050907. PMID: 33919142; PMCID: PMC8143179.
Fraga, D., Meulia, T., & Fenster, S. (2014). Real‐time PCR. Current protocols essential laboratory techniques, 8(1), 10-3.